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Du musst in Eclipse unter den Einstellungen die verwendete Java-Version einstellen. Da es aber schon teilweise ging, gehe ich davon aus, dass du das JRE aus deinem jetzigen Java-Projekt entfernt hast als du etwas mit der "Eingabe"-Klasse probiert hast.
Mach einen Rechtsklick auf dein Projekt, geh auf Preferences und dann auf den Punkt Build-Path. Dort murr irgendwo stehen welche Libraries benutzt werden. Dort drin muss auch die JRE aufgeführt sein.
Start mal eclipse neu, eigentlich muesste das funktionieren.
Und ist die JRE auch angekreuzt?
Ansonsten solltest du wirklich mal Eclipse neustarten, vielleicht hilft das ja.
Du könntest vielleicht auch einen Screenshot von deinem Eclipse hier posten.