Meines Wissens nach ist dies leider nicht möglich. Jedenfalls nicht auf die Art und Weise wie ich mein Programm gemacht habe. Es setzt nämlich die Transparenz der Startleiste beim Start und beendet sich danach wieder. Um Menüs transparent zu machen, müsste es geladen bleiben und die Menüs überwachen ob sie aufgerufen werden und dann die Transparenz setzen. Ist etwas aufwendiger zu programmieren, aber auch gar nicht nötig, weil es so etwas schon gibt.
Dafür würde ich z.B. das oben genannte WindowFX empfehlen. Es bleibt im Speicher und macht alle Menüs Transparent, auch Pop-Up Menüs usw. Nachteil ist dabei natürlich, dass es ein wenig Resourcen verbraucht, ist aber nicht besonders schlimm.
Das Programm hat auch andere coole Effekte, besonders empfehlen würde ich, im Reiter "Maximize to set size" die Größe auf deine Auflösung zu setzen und bei den Koordinaten 0 einzugeben. Dadurch werden alle Maximierten Fenster auf die volle Bildschirmgröße gesetzt, so dass sie hinter der Taskleiste durchschimmern. Dazu setzt du am besten die Transparenz der Taskleiste auf 30-50%. Sieht ganz cool aus so.
Achja, nochwas. Warum bei dir das Startmenü transparent gemacht wird, weiß ich nicht. Bei mir wird manchmal das Programme-Menü transparent gemacht, aber sehr unregelmäßig und scheinbar ohne Grund.