Möglichkeit 1: ein Ausgabeformat, das den Alphakanal beinhaltet, wie Tif oder Tga. Bei Tga kannst Du auch den Haken bei "Alpha Split" setzen und den Alpha in eine eigene Datei ausgeben.
Möglichkeit 2: "Render Elements" in den Rendereinstellungen, "Add" -> "Alpha" und einen Speicherort auswählen.
Oder meinst Du was anderes?