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Ah, eine Möglichkeit fällt mir noch ein.
Wie lädst du die Dateien auf den Server? Kann es sein, dass dieses Programm die Dateien in einem Text- statt Binärmodus überträgt?
Hast du die PHP-Warnungen - wie oben erwähnt - aktiviert?
Kannst du deine index.php zippen und hier hochladen? Das würde verhindern, dass der Dateiinhalt durch reines Kopieren in irgendeiner Art und Weise verändert wird.