Scripts die beim Start ausgefuehrt werden sollen werden in der Regel in /etc/rc.d/init.d oder /etc/init.d (wenn beide existieren duerfte wohl eines ein Link auf das andere sein) abgelegt und im zu startenden Runlevel-Verzeichnis, z.B. /etc/rc.d/rc3.d fuer Runlevel 3, verlinkt.
Zu beachten ist, dass dies fuer den normalen SystemV-Start gilt.
Ob dies auch noch mit Upstart, welches Ubuntu soweit ich weiss nutzt, genauso funktioniert weiss ich aber nicht.