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ich würds mir IrfanView probieren - bedenke aber, dass beim Verkleinern von transparenten GIFs höchstwahrscheinlich unschöne Treppeneffekte an schrägen Kanten auftreten werden.
unter Batch Conversion Settings --> Options kannst Du "Save transparent color" wählen und den Index in der Farbtabelle (set transparency value to pallete entry) festlegen. Liegt die transparente Farbe bei allen Grafiken an der selben Stelle, lässt sich Dein Vorhaben dennoch realisieren.
IrfanView ist dafür nur sehr schleht geeignet, da du damit alle einzeln verkleinern musst.
Ein perfektes Programm dafür ist DownSizer.
Du kannst damit ein ganzes Verzeichniss auswählen und auch voreingestellte Größen anklicken. Natürlich kannst du auch eine beliebige andere Größe verwenden.
Achja, aber die Bildqualität wird etwas schlechter...
Jedoch denke ich, du bist dir dessen bewusst.