So lange du uns nicht zeigst um was wir dich bitten, wirst du mit dem Problem wohl alleine leben müssen. Trotzdem noch ein Tipp von mir.
Fang ein neues Projekt an. Dateien UTF-8 codiert ohne BOM.
Dann nimmst du ein Dummytext mit Umlauten und überprüfst im IE und im FF ob diese die Seite richtig mit Umlauten darstellen. Wenn ja, dann sichere diesen Stand unter einem anderen Namen (auf das kannst du dann jederzeit zurückgreifen). Jetzt fügst du ein Script nach dem anderen ein und prüfst jedesmal ob es dadurch Probleme bei den Browsern gibt.
So würde ich vorgehen, um das Problemscript ausfindig zu machen.
