Entschuldige das ich lache, aber wget benutzt ftp, http und https. Sofern du nicht mindestens https benutzt ist deine Verbindung unverschlüsselt.
Unterstützt dein Server https?
ssh, scp, sftp und rsync über ssh sind dagegen immer verschlüsselt und mit entsprechender Konfiguration (z.B. Limitierung der User, IP Bereich, KeyAuthentification) ziemlich sicher. Klar ist ein sshd auf einem angreifbaren Rechner ein zusätzliches Risiko, aber der Zugang kann sehr restriktiv eingestellt werden, da er nur für einen sehr kleinen Nutzerkreis (nämlich dich) verfügbar sein muss. ssh ist normalerweise sicherer als die meisten Webserver, insbesondere solche mit komplexen Webanwendung auf PHP/MySql Basis.
Mich würde interessieren wer entschieden hat, das kein ssh benutzt werden darf? Jemand mit Ahnung (Administrator) oder jemand mit ohne Ahnung.
Wenn du trotzdem wget benutzen willst: Verwende https und sichere die Datei mit htaccess.
Alternativer Vorschlag: Webdav
http://webdav.org/
Wenn auf dem Rechner eh schon ein Apache o.ä. läuft eine recht sichere Variante. Da kann ich aber nicht soviel zur Benutzung sagen, weiß nur das es das gibt.