Hallo SirNeo,
Hmmm, läuft das im Moment bei dir im LAN? Ich entwickele meine Perl-Scripte auch unter Windows und wenn ich sie per Explorer auf den Linux-Server (Samba-Dienst) im Netzwerk schiebe, kommt auch grundsätzlich ein Fehler, obwohl die Rechte automatisch gesetzt werden.
Meine Lösung war, dass ich die Perl-Scripte selbst im LAN per FTP auf den Server übertragen habe und als Übertragungsart nicht Binary sondern ASCII ausgewählt habe. Dann gings.
Vielleicht hilft's dir ja.