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kannst auch avisynth + quicktimealternative benutzen
über den directshow kannst du virtualdub ein avi vorgauckeln und es das real als solches speichern
Mit dem mplayer http://www.mplayerhq.hu (heute schon zum 2. mal gepostet) funktionierts am schnellsten. ist allerdings nicht so einfach zu bedienen wie andere Programme (gibts f. Windows und Linux).
hier sind zwar schon 5 Programme genannt, möchte aber auch meinen Senf dazu geben:
Ich bevorzuge für alle Konvertierungen das Programm Avidemux (OpenSource, Plattformunabhängig). Dieses kann so ziemlich alles lesen und in ein Dutzend andere Formate umwandeln. Das ganze funktioniert sehr stabil und ich hatte bisher fast keine Probleme damit.