Du hast jeden Banner mit einer ID in der Datenbank. Dann machst du das so, das wenn du auf einen Banner klickst, eine beispielsweiße link.php?id=4 aufgerufen wird. Das ?id=4 übermittelt dann an die Datenbank, dass zu dem Banner mit der ID 4 ein Klick hinzugezählt werden soll. Auserdem ist in dieser link.php noch ein Metarefresh, der auf 0 Sekunden steht und auf die URL der Seite die zu dem BAnner gehört verlinkt.
Wie du siehst, ganz simpel. Wenn du jetzt zum Beispiel nicht weißt, wie du diese Datenbank erstellst/einrichtest oder wie die Übermittlung an die db funktioniert, in der Suche wirst du auf jeden Fall fündig.
Gruß