Motionbuilder wurde früher von Kaydara entwickelt und vertrieben, welche nun aber vor einiger Zeit von Alias "geschluckt" wurden.
Alias bietet derzeit auf seiner Website für viele der üblichen 3D-Tools (wie 3dsmax, Lightwave, XSI und Houdini) entsprechende Plugins an, um die Daten ins Motionbuilder eigene fbx-Format konvertieren zu können. Anscheinend ist man darauf aus, das Format als "inoffiziellen" Industriestandard für 3D-Datenaustausch zu etablieren.
Möglicherweise kann dir deshalb der "FBX Converter" helfen. Wenn du dich bei Alias registrierst, kannst du ihn kostenlos herunterladen (unter Community > Downloads). Er kann FBX, 3DS, DXW (das müsste AutoCAD sein) und Mayas OBJ-Format beliebig hin und her konvertieren. Ich muss aber zugeben, dass ich das selbst noch nicht ausprobiert habe. Genau so gibt es auch ein Plugin für Quicktime um die Daten visuell ohne 3D-Programm darstellen zu können. OBJ ist Mayas Export/Import-Format weshalb von dieser Seite keine Schwierigkeiten zu erwarten sind.
Falls das alles nicht klappen sollte fallen mir spontan eigenlich nur noch Alias Studio Tools ein, da diese eher aus deinem Bereich kommen. Soweit ich weiß, kann Maya diese Dateien komplett verarbeiten (nach Aktivierung des mitgelieferten Plugins). Das Problem ist für dich nur, diese Daten in dass Studiotools-Format zu konvertieren.