Schonmal die pdf in Photoshop geöffnet?
Häufig hat man in AcrobtPDF Anzeigefehler.
Auch wenn der Thread jetzt 1 Jahr alt ist, aber nichtsdestotrotz ...
man öffnet keine PDF-Dateien zum Überprüfen in Photoshop und der Hinweis mit dem Anzeigefehler in Acrobat bzw. dem Adobe Reader war eher ein guter Witz

Höchstwahrscheinlich liegt es tatsächlich am Antialising, oder es ist zu einem Fehler bei der Transparenzreduzierung gekommen, aber dann liegt der fehler nicht seiten bei Adobe, sondern beim Layouter und wie er die Grafiken in ID angelegt hat.
Das bekommt man nur heraus wnen man Einblick in seine ID-Daten bekommt.