Falls es dir nur darum geht ein Java-Programm in eine einzelne Datei zu verpacken und die per Doppelklick zu starten kannst du auch ein JAR (Java Archiv) verweden. Dabei werden mehrere Dateien zu einer zusammengefasst, wahlweise auch komprimiert, und die kann wie eine Exe-Datei gestartet werden.
Der Vorteile wäre das es dann immer noch relativ Plattformunabhängig bleibt, eine .exe wäre nur unter Windows ausführbar.
Auf Tutorials.de gibts dazu einen guten Beitrag über die Verwendung von JAR.