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Da gibts mehrere Möglichkeiten. Willst du reiner Sourcen importieren erstellst du einfach das Javaprojekt und importierst dann die Sourcen in den src Ordner des Projektes.
Wenn du ein ganzes Projekt importierst, kann es sein, dass die Sourcen nicht in src liegen. Dann kannst du über "Configure Build Bath" im Projektkontextmenü einfach den src Ordner als Sourceordner rausnehmen und dafür den nehmen, in dem Deine Sourcen liegen.