interessanter punkt.

du musst das über javaScript steuern. erstmal brauchst du ne browser-abfrage ob nEtSCAPE oder IE wegen "<embed>" oder "<object>".
wenn die beiden movies in einem frame stehen, ist das nicht ganz so hart. du gibst den entsprechenden JavaScript-string in der URL-eingabe der links/buttons o.ä. in flash ein.
Ein kleines beispiel: du hast zwei filme namens movie1.swf und movie2.swf auf einer html-seite. du willst dass aus einem button in movie1.swf das movie2 abgespielt wird.
dann musst du in etwa einen string wie diesen in die URL eingabe für deinen button packen:
"javascript:movie2.GotoFrame(2); movie2.play();" oder so ähnlich. ich habs nicht getestet, also ist basteln angesagt

aber von der art her müsste das so hinkommen.
wenn du in 2 unterschiedlichen framesets arbeitest, musst du erst ins parent-fenster und dann in den nächsten frame, also so:
"javascript:top.frame_xyz.movie2.GotoFrame(2); top.frame_xyz.movie2.play();"
wie gesagt, bastel mal, aber so in etwa sollte es hinhauen. hope it helps!
d!