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Prinzipiell eher raus als rein, aber du solltest dir überlegen wie du die Luftströmungen im Rechner lenken willst. Wenn du z.b. die Lüfterhalterung unten hinter der Frontblende bestücken willst, dann sollte er eher reinblasen, weil er dann die Luft durch die Öffnungen in der Gehäuserückwand herausdrückt.
Das hat aber nicht wirklich was mit dem ATX-Formfaktor zu tun. Denn der regelt nur die Platinenbestückung, die Bohrlöcher, die Anschlußeinheiten und die Dimensionen des Motherboards.
Die alten Baby-AT-Rechner waren weitgehend identisch aufgebaut, was die Peripherie- und Netzteilpositionen angeht.