BOOL SetWindowPos( const CWnd* pWndInsertAfter, int x, int y, int cx, int cy, UINT nFlags );
Setz mal als ersten Parameter den Pointer auf dein aktuell unterstes Fenster ein und die Flags auf "Alles ignorieren ausser Z-Position" . Das müsste eigentlich gehen.
Eine einfache Alternative, die ich normalerweise verwende, ist es, das entsprechende Steuerelement mit meinSteuerelement.ShowWindow( SW_HIDE ) einfach unsichtbar zu machen.