Ist zwar schon etwas her der post, aber welchen Farbraum hat denn dein InDesign im Druckmenü eingestellt?
Kann durchaus sein, dass du in Photoshop deine Bilder in RGB vorliegen hast, aber InDesign sie dir in CYMK ausdruckt, da man normalerweise sie im Druck auch nur in diesem Farbraum ausdrucken sollte. Wobei InDesign die Farben aber auch generell anders berechnet als PS, afaik.