Außer dass du natürlich einen sicheren Rootserver konfigurieren musst (was du ja aber wahrscheinlich für dein Portal schon hast) musst du SSL-Zertifikate für dein Server beantragen (kostet Geld) damit eine verschlüsselte Verbindung zwischen Server und Client (pop3, imap oder smtp) zu stande kommt. Natürlich musst du beim Mailserver aufpassen, dass nicht irgendein kleiner Konfigurationsfehler vielleicht eine Relay offen lässt und du damit zu Spamschleuder Nummer 1 im Netz wirst.
Weiterhin sind solche Webaccessportale oft buggy und man hat ungebetene Gäste.
Denn du musst beachten, dass auch die User nicht immer das beste wollen für deinen Server (max. Mailanzahl pro User beschränken, etc.).
Grundsätzlich ist es kein Problem für eine geringe Zahl an Leuten so etwas aufzubauen - aber spätestens wenn sich "anonyme" Leute bei dir anmelden können (als Nicht-Freunde, Kollegen, etc.) bist du Diensteanbieter und musst ggf. Schnittstellen für Bundesbehörden (Stichwort: Vorratsdatenspeicherung seit dem 01.01.08) einrichten, was weder spaßig noch einfach einzurichten ist.
Sorry, hoffe ich hab dir jetzt den Wind nicht aus den Segeln genommen, an nem Mailserver rumzuspielen bringt echt Spaß - aber sobald es semi-pro sein soll, würde ich die Finger davon lassen.