tutorials.de Buch-Aktion 05/2012
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  1. #1
    tluebke tluebke ist offline Mitglied Silber
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    Hallo Leute, ich habe schon meine Bachelorarbeit mittels Eclipse/TeXlipse/MikTex erstellt und wollte dies nun auch für meine Masterarbeit machen. Leider erstellt sich das als etwas schwieriger als gedacht.
    Nach der Installation aller benötigten Programme/Addons/Plugins auf meinem Rechner, habe ich nun das Problem, dass ich schon bei der kleinsten Änderung im Inhalt eine völlig andere Ausgabe in der PDF erhalte. Änder ich z.B. das "ü" in meinem Namen auf "ue", stellt er Umlaute nicht mehr richtig dar, die Schriftart hat sich geändert und nach der Titelseite ist Schluss mit angezeigtm Inhalt.
    Ändere ich an anderer Stelle etwas, kann das aber auch wieder keinen Einfluss auf die PDF-Erstellung haben.
    Ich habe keine Ahnung, woran das liegen könnte. Wenn ich den mittlerweile veralteten Befehl "smallheadings" aus der Präambel entferne, passiert übrigens dasselbe...

    Code :
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    \documentclass[german,12pt,parskip=half,oneside,smallheadings]{scrbook}
     
    %SPRACHPAKETE
    \usepackage[latin9]{inputenc}
    \usepackage[ngerman]{babel}
     
     
     
     
    %µ einbinden (\textmu)
    \usepackage{textcomp}
     
    %SCHRIFTGRÖSSE TINY ÄNDERN
     
     
    %MEHRSEITIGE TABELLEN
    \usepackage{longtable}
    \usepackage{ltxtable}
    \usepackage{booktabs}
     
    %GRAFIKEN EINBINDEN
    \usepackage{graphicx}
    \usepackage[small]{caption}
    \usepackage[margin=2.5cm]{geometry}
    \usepackage{acronym}
    \usepackage{setspace}
     
    % für H als Positionsangabe
    \usepackage{float}
    \usepackage{placeins}
    \usepackage{afterpage}
     
    %ABKÜRZUNGSVERZEICHNIS
    %\usepackage{makeidx}
     
    %KOPF- UND FUSSZEILEN
    \usepackage{scrpage2}
    %ZEILENABSTAND
    \onehalfspacing
     
    %KOMA-SCRIPT
    \setkomafont{sectioning}{\normalcolor\bfseries}
    %\usepackage[T1]{fontenc}
     
    %ABSTAND KOPFZEILE ZU CHAPTERANFANG
    \renewcommand*{\chapterheadstartvskip}{\vspace*{-\topskip}}
    %LAYOUT KOPF- UND FUSSZEILEN
    \renewcommand{\headfont}{%
        \normalfont\sffamily\bfseries
    }
    \renewcommand{\pnumfont}{%
        \normalfont\sffamily\normalfont
    }
    \setheadsepline{0.4pt}
    \setfootsepline{0.4pt}
    \pagestyle{scrheadings}
    \clearscrheadfoot
    \automark[]{chapter}
    \ofoot{\pagemark}
    \cfoot[]{}
    \ohead{\headmark}
    \chead[]{}
     
    \restylefloat{figure}
    \restylefloat{table}
     
    \renewcommand{\textfraction}{0.05}
    \renewcommand{\topfraction}{0.95}
    \renewcommand{\bottomfraction}{0.95}
    \renewcommand{\floatpagefraction}{0.35}
    \setcounter{topnumber}{0}
    \setcounter{bottomnumber}{1}
    \setcounter{totalnumber}{5}
     
    \hyphenation{Gly-ce-rin-stock}
    \hyphenation{Kon-zen-tra-tion}
    \hyphenation{A-lign-ment}
    \hyphenation{mit-ei-nan-der}
    \hyphenation{Nickel-ion-en}
    \hyphenation{MHpOPE}
    \hyphenation{ELISA}
    %
    %
    %
    %
    %
    %DOKUMENTENANFANG
    %--------------------------------------------------
    \begin{document}
     
    \sloppy
     
    %TITELSEITE
    \begin{titlepage}
     
    \normalsize
    Tobias Lübke \\
    Matrikel-Nummer: XXXXXX\\
    \vspace*{3cm}
    \begin{center}
    \huge
    Produktion von biotinylierten Antikörperfragmenten für den Einsatz in der
    Diagnostik\\
     
     
    \vspace{2cm}
    \large
    Masterarbeit zur Erlangung des akademischen Grades \\
    Master of Science (B.Sc.) \\
    \vspace{2cm}
    im Studiengang \\
    Biotechnologie \\
    an der \\
    Hochschule Anhalt (FH) \\
    Fachbereich Angewandte Biowissenschaften und Prozesstechnik \\
     
    \vspace{2cm}
    eingereicht am:  12.06.2008
     
    \end{center}
    \normalsize
    \vfill
    1. Prüfer: Herr Prof. Dr. Hans-Jürgen Mägert \\
    2. Prüfer: Herr Prof. Dr. Ulrich Junghannß\\
    \end{titlepage}
     
    \setcounter{page}{1}
     
    \tableofcontents
     
     
     \listoffigures
        \addcontentsline{toc}{chapter}{%
          \numberline{}Abbildungsverzeichnis}
     
     \listoftables
        \addcontentsline{toc}{chapter}{%
          \numberline{}Tabellenverzeichnis}
     
    \chapter*{Abkürzungsverzeichnis}
    \addcontentsline{toc}{chapter}{%
      \numberline{}Abkürzungsverzeichnis}
     
    \begin{tabbing}
    1234567890123456789012345 \= NAME \kill
    A \> Absorption \\
    AP \> Alkalische Phosphatase \\
    APS \> Ammoniumpersulfat \\
    BAD \> Biotin Akzeptor Domäne \\
    BCIP \> 5-Bromo-4-Chloro-3-Indoxylphosphat p-Toluidin Salz \\
    BSA \> bovine serum albumine \\
    CDR \> complementary determining regions \\
    C\textsubscript{H} \> konstante Region der schweren Kette \\
    C\textsubscript{L} \> konstante Region der leichten Kette \\
    DF \> Durchfluss \\
    dH\textsubscript{2}O \> deionisiertes Wasser \\
    DNA \> desoxyribonucleiacid \\
    dNTP \> Desoxynukleotidtriphosphat \\
    E \> Elutionsfraktion \\
    \textit{E. coli} \> \textit{Escherichia coli} \\
    EDTA \> Ethylendiamintetraacetat \\
    ELISA \> enzyme-linked immunosorbent assay \\
    Fab \> fragment antigen binding \\
    Fc \> fragment cristallizable \\
    Fr1-4 \> Fragment 1-4 \\
    Fv \> fragment variable \\
    g \> Gramm \\
    °C \> Grad Celsius \\
    h \> Stunde \\
    His \> Histidin \\
    HRP \> horseradish peroxidase \\
    IfSG \> Infekitonsschutzgesetz \\
    Ig \> Immunoglobulin \\
    IMAC \> Immobilisierte Metall-Affinitätschromatographie \\
    IPTG \> Isopropyl-\begin{math}\beta\end{math}-D-thiogalactopyranosid \\
    K \> Lysin \\
    kb \> Kilobasen \\
    L \> Liter \\
    LB \> Nährmedium nach Luria Bertani \\
    LEW \> Lysis-Equilibration-Wash \\
    M \> Molar \\
    mL \> Milliliter \\
    MompC \> Major outer membrane protein C \\
    MompJ \> Major outer membrane protein J \\
    {\textmu}g \> Mikrogramm \\
    {\textmu}L \> Mikroliter \\
    NBT \> Nitro-Blue Tetrazolium Chlorid \\
    OD \> optische Dichte \\
    PAGE \> Polyacrylamid Gelelektrophorese \\
    PBS \> phosphate buffered saline \\
    PCR \> polymerase chain reaction \\
    pH \> pondus Hydrogenii \\
    pmol \> pico mol \\
    PPP \> Präparation periplasmatischer Proteine \\
    RNase \> Ribonuklease \\
    rpm \> rotations per minute \\
    scFv \> single-chain fragment variable \\
    SDS \> Sodiumdodecylsulfat \\
    Tab. \> Tabelle \\
    TAE \> Tris-Acetat-EDTA \\
    TE \> Tris-EDTA \\
    TEMED \> N,N,N',N'-Tetramethylethylendiamin \\
    TFB \> transformationbuffer \\
    TMB \> Tetramethylbenzidin \\
    Tris \> 2-Amino-2-(hydroxymethyl)-1,3-propandiol \\
    ÜKS \> Überkopfschüttler \\
    üN \> über Nacht \\
    ÜS \> Überstand \\
    V\textsubscript{H} \> variable Region der schweren Kette) \\
    V\textsubscript{L} \> variable Region der leichten Kette) \\
    (v/v) \> volume per volume \\
    (w/v) \> weight per volume \\
    W \> Waschfraktion \\
    \end{tabbing}
     
     
    \chapter{Zusammenfassung}
    Aufgrund der seit Jahren steigenden Zahl von bakteriellen Darmerkrankungen
    durch \textit{Salmonella} und \textit{Campylobacter} sowie geänderter
    Rechtsvorschriften zur Vermeidung der Erregerausbreitung, sind
    zuverlässige Testsysteme für den Nachweis einer Infektion nötig.
    \textit{Salmonella} und \textit{Campylobacter} sind Gram-negative
    Stäbchen. Sie treten beim Nutztier vor allem beim Schwein
    und Geflügel auf. Der Verzehr von kontaminierten Fleisch löst beim Menschen
    schwere Darm- und Durchfallerkrankungen aus.
     
    Ein zuverlässiger Erregernachweis ist zur Zeit nur auf Kulturebene und mittels
    PCR möglich. Der Nachweis von pathogenspezifischen Antikörpern aus Tierseren
    mittels ELISA hingegen ist nicht zuverlässig, was einen Einsatz in der
    Routinediagnostik verhindert.
     
    Zum Erregernachweis soll nun kompetitiver ELISA etabliert werden.
    Dazu wurden in Vorversuchen scFv-Fragmente gegen pathogenspezifische Antigene
    von \textit{Salmonella} (OmpD) und \textit{Campylobacter} (MompC und MompJ)
    isoliert und charakterisiert.
     
    Für die effektive Nutzung des bereits etablierten ELISAs sollen die zur
    Kompetition eingesetzten scFv-Fragmente biotinyliert werden. Dies ermöglicht
    die Verkürzung des Tests durch den Nachweis mit Streptavidin HRP-Konjugat.
     
    In dieser Arbeit wurden die isolierten Antikörperfragmente mit Hilfe der
    Plasmide pOPE101-XP und pRARE3 in \textit{E. coli} exprimiert und \textit{in
    vivo} biotinyliert. Die erfolgreiche Biotinylierung der Fragmente konnte
    nachgewiesen werden. Außerdem wurde festgestellt, dass die BAD-Fusion einen
    negativen Einfluss auf die Produktionsausbeute um den Faktor 30 ausübt. Die
    Biotinylierungsrate lag bei allen produzierten Fragmenten bei 100 \%. Im
    Titrations-ELISA wurde die Bindung von OmpD-spezifschen scFv-Fragmenten an das
    Antigen erfolgreich überprüft. Ein Einfluss der BAD auf die Affinität zum
    Antigen konnte nicht festgestellt werden.
     
    \end{document}

    Als Warnings gibt er mir übrigens folgendes aus:
    Code :
    1
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    5
    
    Description Resource    Path    Location    Type
    \float@addtolists detected! masterarbeit.tex    /Masterarbeit   Unknown Texlipse Build Error
    seems you are using a very small headheight.    masterarbeit.tex    /Masterarbeit   Unknown Texlipse Build Error
    Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 123--125  masterarbeit.tex    /Masterarbeit   line 123    Texlipse layout warning
    You've used obsolete option `smallheadings'. (Occurance: [PFAD XXX]\MiKTeX\2.9\tex\latex\koma-script\scrbook.cls)   masterarbeit.tex    /Masterarbeit   Unknown Texlipse Build Error
     

  2. #2
    Avatar von Navy
    Navy Navy ist offline Freiwillige Serverwehr
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    Das Dokument funktioniert hier. Kleiner Tip: Nimm ruhig das fontencoding wieder rein.

    Vermutlich ist hier das Problem nicht \LaTeX sondern die Einbindung in Eclipse. Versuch es doch mal testweise mit dem Texnic-Center, um die Fehlerquelle einzugrenzen.
    tluebke bedankt sich. 
    Navy

    --
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  3. #3
    tluebke tluebke ist offline Mitglied Silber
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    Apr 2007
    Beiträge
    56
    Das Problem ist ja, dass es mit einer alten Eclipse-Version geklappt hat. So, wie ich den Code hier hineinkopiert habe, funktioniert es ja immernoch. Nur wenn ich Änderungen vornehme, zerschießt er alles.

    Welches Fontencoding soll ich denn reinnehmen? Ich habe ja nichts gelöscht, außer den Inhalt hinter der Zusammenfassung.
    Ich werde das Texnic-Center aber ausprobieren und Meldung geben.
    Danke erstmal.
     

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