Ist es möglich,bei Setup Projekten automatisch das .net Framework zu installieren?

Nein.
Du kannst aber überprüfen ob es bereits installiert ist.

Du könntest selber ein Programm schreiben, dass die Registry auf die entsprechenden Einträge überprüft.

Wird das Framework nicht gefunden, kannst du über die Process Klasse das Redistributable Package installieren lassen. Ansonsten startest du dein Setup Projekt

Ich danke für die Antwort, aber das hab' ich bereits in betracht gezogen, jedoch das soll es nicht sein. Ich habe ein sog. Bootstrapper Sample gefunden, was ist das?