Also, ich habe hier ein kleines Problem mit einem Gerüst, welches aus 2 Divs besteht.
Es sind 2 einzelne Divs, wobei ein Div immer bis zum Boden der Seite reichen soll, klappt soweit auch mehr oder minder gut. Nur wenn die 2. Divbox nun größer ist als das Browserfenster an sich, klappt es mit dem anderen Div nichtmehr so wie es soll.

Hier mal ein kleines Beispiel um es mal zu veranschaulichen:
http://www.careaboutart.net/test.html

Der erste Div (blau), soll bis zum Ende der Seite reichen, die Höhe ist mit min-height: 100%; festgelegt, aber es will nicht wirklich so, wie ich es will.

Wenn du min-height nutzt, richtet sich die Höhe des Elements nach dem Inhalt.

Google: faux columns

Schau mal in den Thread div height=100% nur im IE?. Dort findest du einige Lösungsansätze für dein Vorhaben.