8) Bei mehreren transparenten Objekten, erscheinen die hinteren plötzlich nicht mehr durchsichtig.

Das ist eine Berechnungs-Beschränkung von Cinema 4D, um Renderzeit zu sparen: unter den Rendern / Render-Voreinstellungen / Optionen kann diese Strahl-Tiefe erhöht werden. Gleiches gilt natürlich für die Reflexions- und Schatten-Tiefe.

9) Cinema4D zeigt mir in den Render-Voreinstellungen keine Quicktime-Codex als Ausgabe-Format an?

Zum einen muß Quicktime auf dem System verfügbar sein: www.apple.com/quicktime.
Ist dies installiert, aber es erscheinen dennoch keine QT-Codex, liegt dies höchstwahrscheinlich an 64bit. Aktuell (März 2010) funktioniert Quicktime nur unter 32bit, d.h. es muß Cinema4D in der 32bit-Variante gestartet werden, um die QT-Codex nutzen zu können.