Hier meine Lösung. Diesmal nicht kommentiert.. Hab leider nicht so viel Zeit.

Das Programm liest BrainScript Programme aus Dateien mit der Endung .bs ein. Danach
wird nach der Zahl der zu verwendeten Zellen gefragt und das Programm ausgeführt.

Code java:
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package de.tutorials.java.brainscript;
 
import java.io.BufferedReader;
import java.io.File;
import java.io.FileReader;
import java.io.IOException;
import java.io.InputStreamReader;
import java.util.ArrayDeque;
import java.util.Arrays;
import java.util.Deque;
import java.util.HashMap;
import java.util.Map;
 
public class BrainScript {
 
    private static void runProgram(final String program, int numCells)
            throws IOException {
        System.out.println("Running program: " + program);
 
        int ptr = 0;
 
        boolean skipLoop = false;
        int innerLoopCount = 0;
 
        final Deque<Integer> stack = new ArrayDeque<Integer>();
        final Map<Integer, Integer> matchingBraces = new HashMap<Integer, Integer>();
 
        final int[] cells = new int[numCells];
        Arrays.fill(cells, 0);
 
        final char[] expressions = program.toCharArray();
        for (int programPtr = 0; programPtr < expressions.length; programPtr++) {
            final char e = expressions[programPtr];
            if (skipLoop) {
                switch (e) {
                case '[':
                    innerLoopCount++;
                    break;
                case ']':
                    innerLoopCount--;
                    if (innerLoopCount <= 0) {
                        skipLoop = false;
                    }
                    break;
                }
            } else {
                switch (e) {
                case '<':
                    ptr--;
                    break;
                case '>':
                    ptr++;
                    break;
                case '+':
                    cells[ptr]++;
                    if (cells[ptr] > 255)
                        cells[ptr] = 0;
                    break;
                case '-':
                    cells[ptr]--;
                    if (cells[ptr] < 0)
                        cells[ptr] = 255;
                    break;
                case '.':
                    System.out.print((char) cells[ptr]);
                    break;
                case ',':
                    cells[ptr] = System.in.read();
                    if (cells[ptr] == '\n') {
                        cells[ptr] = 0;
                    } else if (cells[ptr] == '\r') {
                        cells[ptr] = 0;
                    }
                    break;
                case '[':
                    if (ptr >= 0 && ptr < cells.length && cells[ptr] != 0) {
                        stack.push(programPtr - 1);
                        skipLoop = false;
                    } else {
                        Integer skipTo = matchingBraces.get(programPtr);
                        if (skipTo != null) {
                            programPtr = skipTo;
                        } else {
                            skipLoop = true;
                            innerLoopCount = 1;
                        }
                    }
                    break;
                case ']':
                    int oldPtr = programPtr;
                    programPtr = stack.pop();
                    matchingBraces.put(programPtr + 1, oldPtr);
                    break;
                }
            }
        }
        System.out.println();
        System.out.println("Program finished");
        System.out.println();
        // System.out.println("Java Code:");
        // System.out.println(translateProgram(program, numCells));
        // System.out.println();
    }
 
    public static void main(String[] args) throws Exception {
        boolean run = true;
        final BufferedReader br = new BufferedReader(new InputStreamReader(
                System.in));
        while (run) {
            System.out.println("Program file: ");
            String fileName = br.readLine();
            if (fileName == null || fileName.trim().equalsIgnoreCase("quit")) {
                run = false;
            } else {
                if (!fileName.endsWith(".bs")) {
                    fileName += ".bs";
                }
                final File f = new File(fileName);
                if (f.exists()) {
                    final BufferedReader fr = new BufferedReader(
                            new FileReader(f));
                    final StringBuilder program = new StringBuilder();
                    String line = null;
                    while ((line = fr.readLine()) != null) {
                        line = line.replaceAll("[^<>+-.,\\[\\]]", "");
                        program.append(line);
                    }
                    System.out.println("Number of cells:");
                    String cellString = br.readLine();
 
                    if (cellString != null) {
                        if (cellString.trim().equals("")) {
                            cellString = "30000";
                        }
                        try {
                            int numCells = Integer.parseInt(cellString.trim());
                            runProgram(program.toString().trim(), numCells);
                        } catch (NumberFormatException e) {
                            System.out.printf("'%s' is no valid number.\n",
                                    cellString);
                        }
                    }
                } else {
                    System.out.printf("File '%s' does not exist..\n", f
                            .getAbsolutePath());
                }
            }
        }
    }
 
    private static String translateProgram(final String program,
            final int numCells) throws IOException {
        final StringBuilder b = new StringBuilder();
        final char[] expressions = program.toCharArray();
        b.append("final int [] cells = new int[" + numCells + "];\n");
        b.append("int ptr = 0;\n");
        for (final char e : expressions) {
            switch (e) {
            case '<':
                b.append("ptr--;\n");
                break;
            case '>':
                b.append("ptr++;\n");
                break;
            case '+':
                b.append("cells[ptr]++;\n");
                b.append("if (cells[ptr] > 255){\n");
                b.append("\tcells[ptr] = 0;\n");
                b.append("}\n");
                break;
            case '-':
                b.append("cells[ptr]--;\n");
                b.append("if (cells[ptr] < 0){\n");
                b.append("\tcells[ptr] = 255;\n");
                b.append("}\n");
                break;
            case '.':
                b.append("System.out.print((char) cells[ptr]);\n");
                break;
            case ',':
                b.append("cells[ptr] = System.in.read();\n");
                b.append("if (cells[ptr] == '\\n') {\n");
                b.append("\tcells[ptr] = 0;\n");
                b.append("} else if (cells[ptr] == '\\r') {\n");
                b.append("\tcells[ptr] = 0;\n");
                b.append("}\n");
                break;
            case '[':
                b
                        .append("while (ptr >= 0 && ptr < cells.length && cells[ptr] != 0) {\n");
                break;
            case ']':
                b.append("}\n");
                break;
            }
        }
 
        return b.toString();
    }
 
}

Die Beispielprogramme aus der Aufgabe werden korrekt ausgeführt.

Optional lassen sich BrainScript Programme nach Java übersetzen, wenn man translateProgram verwendet.